Next Generation Sequencing (NGS) hat durch seinen hohen Durchsatz, seine Skalierbarkeit und Geschwindigkeit die molekularbiologische Forschung in den letzten Jahren revolutioniert. Biozym bietet Ihnen hierzu verschiedene Produkte zur Proben Vorbereitung bzw. Herstellung von Sequencing-Libraries.
Dazu gehören unter anderen:
- rRNA Depletion für erfolgreiche RNA-Sequenzierung
- Automatische Size-Selection zur Größenselektion schwieriger Proben
- Size Selection mittels magnetischer Beads für Standard Proben
Next Generation Sequencing: Das steckt dahinter
Im Gegensatz zu den früheren Standard Sequenziermethoden wie z.B. der Sanger-Sequenzierung ermöglicht Next Generation Sequencing (NGS), auch bekannt als „massive parallel Sequencing“, die simultane Sequenzierung von Millionen DNA-Fragmenten. Dadurch können große Mengen an Sequenz-Informationen schnell generiert werden, gefolgt von einer effizienten Datenanalyse zur anschließenden Auswertung. Diese Technologie hat die Geschwindigkeit und den Umfang der Genomforschung erheblich verbessert und erlaubt es Wissenschaftlern, komplexe genetische Analysen durchzuführen, die zuvor nicht möglich waren. Next Generation Sequencing wird in verschiedenen Bereichen wie der Genomik, der Krebsforschung, der Mikrobiomforschung und der forensischen Wissenschaft eingesetzt.
Desweitern besteht die Möglichkeit, RNA-Sequenzierungsdaten im hohem Durchsatz zu generieren. Mit RNA Sequencing können Sie die Expression von Genen in einer Probe quantifizieren, alternative Splicing-Ereignisse identifizieren und sogar neue Transkripte oder auch „long non coding“ RNAs entdecken. Diese fortschrittliche Technologie bietet Ihnen Einblicke in die komplexe Welt der Genexpression und ermöglicht es Ihnen, biologische Prozesse auf einer tieferen Ebene zu verstehen.
rRNA Depletion: Ein wichtiger Schritt im RNA Sequencing
Mit den RiboPOOLs der Firma siTOOLS bieten wir Ihnen hervorragende Kits zu rRNA Depletion einer weiten Palette an Organismen, die Sie dieser Liste entnehmen können an. Sollte sich der gewünschte Organismus nicht in der Liste finden lassen, besteht die Möglichkeit der Custom Herstellung. Kits für fragmentierte RNA (FFPE Proben, Ribosome Profiling) sind ebenfalls erhältlich. Der Einsatz der rRNA-Depletion führt zu besseren Ergebnissen beim RNA Sequencing, da die ribosomale RNA (bis zu 90% der Gesamt-RNA) entfernt und so die Empfindlichkeit und Genauigkeit der Datenanalyse erhöht wird.
RiboPOOL - Effiziente, kostengünstige ribosomale RNA-Depletion für alle Spezies
Der Nachweis wissenschaftlich relevanter RNAs durch Next-Generation-RNA-Sequenzierung (RNA-Seq) ist stark limitiert durch ribosomale RNA (rRNA), mit einem signifikanten Anteil im RNA-Seq-Read. Aktuelle rRNA-Depletion-Methoden sind oft jedoch teuer und nur auf gut untersuchte Spezies beschränkt.
Die ribosomalen RNA-Depletion-Pools (riboPOOLs) von siTOOLs Biotech ist derzeit die Lösung mit der höchsten Flexibilität auf dem Markt. Mit einer vielfältigen Auswahl an vorgefertigten riboPOOLs und der Möglichkeit, Ihren eigenen passenden riboPOOL zu erstellen, sind riboPOOLs ideal geeignet für Sequenzier-Labore mit unterschiedlichen Anforderungen und für Wissenschaftler, die mit seltenen Spezies arbeiten.
RiboPOOLs bestehen aus hochkomplexen Pools biotinylierter DNA-Sonden und sind hocheffizient aufgrund optimalen Designs. Im Vergleich übertreffen sie Ribo-Zero® (Illumina®) siehe Abbildung.
rRNA Depletion Kit For Any Species | riboPOOLs by siTOOLs Biotech
Für Mikrobiologen bietet das neue Pan-Prokaryote-riboPOOL eine universelle rRNA-Depletion für ein breites Mikrobenspektrum und eignet sich daher für mikrobiomische Proben. Zusätzlich sind Kombinations-riboPOOLs für den Einsatz bei Proben verfügbar, die eine Mischung aus mehreren Spezies enthalten.
Ihre Vorteile auf einen Blick:
- Hocheffizient & spezifisch: Mehr als 95% der cytoplasmatischen und mitochondrialen RNA werden depletiert
- Weiter Input Range: 10 ng bis 3 µg
- Alle Spezies & viele Kombinationsmöglichkeiten: Standard-Produkt oder „riboPOOL on demand“
- Vielseitig anwendbar: Auch für nicht-polyadenylierter RNA oder für hochdegradierte RNA bzw. Ribosome Profiling erhältlich
Der Workflow:
- Hybridization: 25 min: Nach Resuspendierung werden die RiboPOOLs an die Total RNA hybridisiert.
- Capture & Removal: 30 min: Die an die RiboPOOLs gebundenen rRNAs werden mit Hilfe von Streptavidin Beads entfernt.
- Purification: mit dem Clean-Up Modul
Weitere Produkte für den Bereich Next-Gen Sequencing Library Preparation:
BluePippin-Size Selection
Probleme bei der Größenselektion der Libraries können einfach und zuverlässig mit dem BluePippin, einen Gerät für sehr präzise automatisierte Gelelektrophorese gelöst werden. Das Gerät kann sowohl zur Größenselection von micro RNA -Libraries bis hin zu Long Read Sequencing eingesetzt werden.
HighPrep™ PCR-Reagenz
HighPrep™ PCR-Reagenz ist ein Post-PCR und Next Gen Library Prep Aufreinigungs- und Size Selection System.
Enzyme
Sie verwenden kein Kit zur Herstellung der Sequenzier-Library? Wählen Sie aus unseren Enzymen die passenden aus.
DNA und RNA Aufreinigung
Zur optimalen Aufreinigung von DNA bzw. RNA bieten wir Ihnen unterschiedliche Kits an. Mit den auf Salzfällung basierenden Masterpure kann einfach hochmolekulare DNA isoliert werden.
FAQ – Häufig gestellte Fragen zu RNA Sequencing
Wie unterscheiden sich die riboPOOLs von bestehenden Lösungen zur Abreicherung ribosomaler RNA (rRNA)?
Die riboPOOLs sind ein definierter komplexer Pool von biotinylierten DNA-Sonden, die mit firmeneigenen Algorithmen entwickelt wurden. Im Vergleich zu anderen Lösungen sind riboPOOLs nicht PolyA-abhängig, enzymfrei, hocheffizient und können zur Abreicherung von rRNA oder anderer reichlich vorhandener RNA aus einer oder mehreren Arten verwendet werden.
Welche RNA Sequencing Library Preparation Kits sind mit riboPOOLs kompatibel?
riboPOOLs sind mit den meisten Bibliotheksvorbereitungskits kompatibel und wurden bereits erfolgreich mit Stranded Total RNAseq Library Preparation Kits von Illumina, KAPA RNA HyperPrep und NEBNext verwendet.
Meine Probe enthält menschliche und bakterielle rRNA. Kann ich riboPOOLs kombinieren, um sie in einem einzigen Depletion Schritt zu verwenden?
Ja. riboPOOLs können entweder vom Anwender kombiniert werden oder es kann ein Kombinations-RiboPOOL erworben werden. Um riboPOOLs zu kombinieren, bestimmen Sie das Verhältnis der in der Probe vorhandenen Spezies-spezifischen RNA und verwenden eine entsprechende Menge riboPOOL. Ist dies nicht bekannt, verwenden Sie ein 1:1-Verhältnis und optimieren entsprechend. Bis zu vier riboPOOLs können in einem Kombinations-RiboPOOL in den vom Benutzer angegebenen Verhältnissen eingesetzt werden werden. Bei der Kombination von riboPOOLs ist die Gesamtmenge der Sonde auf 100 pmol/Reaktion zu beschränken und sicherzustellen, dass der Anteil des Hybridisierungspuffers konstant gehalten wird, d. h. 5 μl in 20 μl Endvolumen.
Detailierte Spezies-Liste
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