Unser Agarose-Programm bietet für die unterschiedlichsten Fragestellungen die jeweils optimale Agarose für die Auftrennung von DNA- und RNA-Fragmenten. Da häufig neben den Trenneigenschaften auch ökonomische und handhabungstechnische Erwägungen eine Rolle spielen, haben wir für einige Techniken mehr als nur eine Agarose in unserem Angebot. Jetzt Agarose kaufen bei Biozym!
Agarose im Portrait: Theoretisches Grundwissen
Sie fragen sich, wie Sie die richtige Agarose finden? Mit theoretischem Grundlagenwissen wird Ihnen diese Entscheidung leichtfallen.
Agarose Grundwissen I
Agarose ist ein Polysaccharid aus D-Galactose und 3,6-Anhydro-L-Galactose Molekülen, die glykosidisch miteinander verbunden sind. Es stellt die Hauptkomponente des Agars dar und wird vor allem aus den Rotalgengattungen Gelidium und Gracillaria gewonnen. Agarose ist ein starker Gelbildner und für die Gelierfähigkeit des Agars verantwortlich (1 g Agarose immobilisiert 100 g Wasser).
- Rotalge → AgarAgar → Agaropektion und Agarose → Reinigung nach Kettenlänge und Sulfatgehalt → eventuell Methylierung
- Kettenlänge ca. 400 Agarobioseunits (ca. 120 kDa)
- Ketten sind gewunden und bilden maschendrahtartige, makroporöse Matrix
- Porengröße variiert zwischen 100 – 300 nm
Agarose Grundwissen II
Sie wollen Ihr Wissen über die Agarose noch vertiefen? Kein Problem! Hier kommen weitere spannende Fakten:
- Agarose hat verschiedene Schmelz- und Geliertemperaturen
- Der Methylierungsgrad bestimmt die Geliertemperatur (es gibt natürliche und synthetische Methylierung)
- Agarose ist nicht toxisch und einfach zu präparieren
- Geladene Gruppen der Agarose (Pyruvat-, Sulfatgruppen) bestimmen den EEO Wert
- Elektroendosmose ist die Bewegung einer Flüssigkeit parallel zu einer Oberfläche durch ein elektrisches Feld. Der Effekt tritt unter anderem bei der Elektrophorese auf und wird dann elektroosmotischer Fluss genannt.
- Die negativen Sulfationen sind an die Gelmatrix gebunden. Die entsprechenden Kationen (Na+, K+) sind frei beweglich. Legt man eine Spannung an, wandern beide gegeneinander und es gibt einen unerwünschten Bremseffekt bei der DNA Elektrophorese.
- D.h. hoher EEO → DNA wandert langsamer, Banden können unscharf werden. Das kann aber wiederum für Proteintrennung nützlich sein, da Proteine unterschiedlich geladen sein können.
- Agarose hat unterschiedliche Gelstärken
- Wird angegeben in Gramm pro Quadratzentimeter
- Ist abhängig von der Konzentration und der Art der Agarose (durch Modifikation der Extraktionsprozedur lassen sich Agarosefraktionen isolieren, die schon bei geringerer Prozentigkeit eine höhere Festigkeit haben) → speziell für PFGE (Pulsfeldgelelektrophorese) wichtig
- Biozym LE: 1200 g/cm2 bei 1%igem Gel (hohe Gelstärke, sehr praktisch fürs Blotting)
- Biozym Plaque GP: 200 g/cm2 bei 1%igem Gel (wie „Wackelpudding“, positiv für Zellkulturapplikationen, In-Gel Techniken oder für das Recovery von DNA nach der Auftrennung)
So finden Sie die richtige Agarose für Ihre Gelelektrophorese
Wenn Sie Agarose kaufen möchten, sollten Sie sich die folgenden Fragen stellen:
- Fragmentgröße und gewünschte Auflösung: Möchte ich kleine oder große Fragmente auftrennen?
- Schmelztemperatur: Will ich nach der Elektrophorese DNA-Banden aus dem Agarose Gel ausschneiden und die DNA weiterverwenden?
- Gelstärke: Will ich nach der Elektrophorese noch blotten? Muss mein Agarose Gel leicht handhabbar und robust sein?
- Einsatz in der Laborroutine: Reproduzierbarkeit und Schnelligkeit sind die wichtigsten Kriterien → Agarose Fertiggele wie z.B. die Reliant Mini Gele oder das FlashGel System
| Agarose | Trennbereich | Endkonzentration Agarose in % | |
| 1x TAE Puffer | 1x TBE Puffer | ||
| 150 – 800 | 2,0 | 1,8 |
| 100 – 600 | 3,0 | 2,0 | |
| 50 – 250 | 4,0 | 3,0 | |
| 20 – 130 | 5,0 | 4,0 | |
| < 80 | / | 5,0 | |
| 500 – 1.000 | 3,0 | 2,0 |
| 100 – 500 | 4,0 | 3,0 | |
| 10 – 100 | 6,0 | 5,0 | |
| 500 – 1.000 | 2,5 | 2,0 |
| 150 – 700 | 3,0 | 2,5 | |
| 100 – 450 | 3,5 | 3,0 | |
| 70 – 300 | 4,0 | 3,5 | |
| 10 – 100 | 4,5 | 4,0 | |
| 8 – 50 | 5,0 | 4,5 | |
| Biozym LE und Biozym LE GeneticPure
| 1.000 – 23.000 | 0,6 | 0,5 |
| 800 – 10.000 | 0,8 | 0,7 | |
| 400 – 8.000 | 1,0 | 0,85 | |
| 300 – 7.000 | 1,2 | 1,0 | |
| 200 – 4.000 | 1,5 | 1,25 | |
| 100 – 3.000 | 2,0 | 1,75 | |
| Biozym Plaque und Biozym Plaque GeneticPure
| 500 – 25.000 | 0,75 | 0,7 |
| 300 – 20.000 | 1,0 | 0,85 | |
| 200 – 12.000 | 1,25 | 1,0 | |
| 150 – 6.000 | 1,5 | 1,25 | |
| 100 – 3.000 | 1,75 | 1,5 | |
| 50 – 2.000 | 2,0 | 1,75 | |
| 5.000 – 50.000 | 0,3 | TBR Puffer nicht für die Auftrennung von DNA > 12.000 bp empfehlenswert |
| 1.000 – 20.000 | 0,5 | ||
| 800 – 10.000 | 0,8 | ||
| 400 – 8.000 | 1,0 | ||
So wählen Sie den passenden Puffer für die Agarose
Sie haben die Wahl zwischen einem TAE Puffer und einem TBE Puffer. Diese Puffer unterscheiden sich wie folgt:
TAE Puffer – Für anschließende Isolierung der DNA
- Für Auftrennung großer (> 12 kb) DNA Moleküle
- Geringe Ionenstärke
- Geringe Pufferkapazität - relativ schnelle, starke Hitzeentwicklung bei der Elektrophorese
TBE Puffer – Für Auftrennung kleiner (< 1 kb) DNA Moleküle
- Schärfere Banden bei kleinen (< 1 kb) DNA Molekülen
- Geringere Mobilität der DNA
- Hohe Ionenstärke
- Hohe Pufferkapazität - relativ geringe Hitzeentwicklung bei der Elektrophorese
Beachten Sie: Den Puffer, den Sie für die Herstellung der Agarose gewählt haben, sollten Sie auch als Laufpuffer wählen.
Für die richtige Spannung sorgen:
- Auftrennung von Fragmenten < 1 kb bei ca. 5 V/cm* in TBE Puffer (TAE Puffer für Rückgewinnung der Probe)
- Auftrennung von Fragmenten von 1 kb-12 kb bei ca. 4-10 V/cm* in TBE oder TAE Puffer (TAE Puffer für Rückgewinnung der Probe)
- Auftrennung von Fragmenten von > 12 kb bei ca. 1-2 V/cm* in TAE Puffer
“V/cm”: cm =Abstand der Elektroden.
Gut zu wissen: Weiteres Zubehör für DNA- und RNA-Gelelektrophorese wie horizontale Kammern, Power Supplies, Magnetrührer, Pipetten, Marker, Ladepuffer und Nukleinsäure Farbstoffe bieten wir Ihnen ebenfalls gern an. In unserem Lieferprogramm finden Sie auch alles rund um die PCR (Geräte, Enzyme, Verbrauchsmaterial)
FAQs – Häufig gestellte Fragen zu Agarose
Warum kocht (LE) Agarose manchmal beim Erhitzen in der Mikrowelle über?
Agarose ist ein Naturprodukt (aus Algen). Leichte Unterschiede in der Zusammensetzung sind daher natürlich und nicht ganz zu vermeiden.
Wenn z.B. der Feuchtegehalt einer LOT besonders gering ist, dann neigt die Agarose beim Erhitzen eher dazu, überzukochen.
Das Überkochen lässt sich vermeiden, wenn man die Agarose beim Lösen (mit Hilfe eines Magnetrührers) langsam in den kalten Puffer einrieseln und vor dem Erhitzen etwas Aufquellen lässt und sie erst dann in die Mikrowelle stellt.
Wie entsorgt man Agarose Gel korrekt?
Die Agarose an sich ist kein Gefahrstoff. D.h. ungefärbte Fertiggele kann man einfach im Standard Laborabfall entsorgen. Ist das Agarose Gel aber z.B. mit Ethidium Bromid oder einem anderen DNA-/RNA-Farbstoff gefärbt, gilt die Entsorgungsvorschrift des Färbereagenzes.
Was ist der Unterschied zwischen einer Agarose mit hohem und niedrigem Schmelzpunkt?
Agarosen mit einem hohen Schmelzpunkt verfügen über eine hohe Gelstärke. Sie sind besonders robust und fest und eignen sich daher hervorragend zum Blotting. Agarosen mit einem niedrigen Schmelzpunkt haben auch nur eine geringe Gelstärke, d.h. die Konsistenz erinnert an Wackelpudding. Diese Agarosen sind sehr gut für die Rückgewinnung der Nukleinsäuren aus dem Gel geeignet sowie für In-Gel Techniken wie z.B. die Einbettung von Zellen.
Welche Agarose eignet sich für die Auftrennung von kleinen PCR Fragmenten?
Für die Auftrennung von PCR Fragmenten eignet sich besonders gut die Biozym Sieve 3:1 Agarose.
Welche Agarose eignet sich für die Anzucht pflanzlicher Protoplasten?
Die SeaPrep Agarose von Lonza hat einen extrem niedrigen Schmelzpunkt, so dass sie sich besonders gut für In-Gel Techniken und Zellkulturanwendungen eignet (Hybridoma Klonierung, Zellkulturen und Einbettung von Zellen, Kulturen pflanzlicher Protoplasten).
Wie stellt man ein Agarosegel in der Mikrowelle her?
1. Wählen Sie einen Erlenmeyerkolben, der das 2-4 Fache des Volumens der gewünschten Lösung aufnehmen kann.
2. 1X oder 0,5X Elektrophoresepuffer bei Raumtemperatur und einen Rührfisch in das Gefäß geben.
3. Streuen Sie langsam das Agarosepulver unter schnellem Rühren ein, um Verklumpungen zu vermeiden.
4. Entfernen Sie den Rührfisch, falls er nicht mit Teflon® beschichtet ist.
5. Wiegen Sie das Gefäß mit der Agaroselösung vor dem Erhitzen.
6. Decken Sie das Gefäß mit Plastikfolie ab und stechen Sie zur Belüftung ein kleines Loch in die Folie.
7. Erhitzen Sie das Gefäß in der Mikrowelle mit hoher Leistung, bis Blasen entstehen.
8. Nehmen Sie das Gefäß aus der Mikrowelle.
Achtung: Mikrowellenlösungen können sich beim Rühren überhitzen und schäumen!
9. Schwenken Sie das Gefäß vorsichtig, um abgesetzte Pulver- und Gelstücke zu resuspendieren und erhitzen Sie es bei hoher Leistung erneut, bis die Lösung siedet. Am Siedepunkt halten, bis sich alle Partikel aufgelöst haben (ca. 1 Minute).
10. Nehmen Sie das Gefäß aus der Mikrowelle und schwenken Sie es vorsichtig, um die Agaroselösung gründlich zu mischen.
11. Nach dem Auflösen ausreichend heißes destilliertes Wasser hinzufügen, um das Anfangsgewicht zu erhalten, und erneut gründlich mischen.
12. Kühlen Sie die Lösung vor dem Gießen auf 50 °C bis 60 °C ab und gießen dann das Gel (in der Regel mit einer Stärke von ca. 5 mm).